La palabra Ushuaia proviene del idioma yagán: ush (‘al fondo’) y waia (‘bahía’ o ‘caleta’) y significa ‘bahía profunda o bahía al fondo’. El acta de creación de la Subprefectura, en 1884, cita el nombre «Oshovia», una de las muchas variaciones ortográficas del vocablo. Su gentilicio es “ushuaiense”.
El nombre suele pronunciarse “u-sua-ia” / u’swa ja/, una excepción a las reglas ortográficas del castellano, pues la s forma sílaba con la siguiente u a pesar de la h. Considerando que podría darse una pronunciación errónea “Usuaía”, vale aclarar que la palabra Ushuaia no lleva tilde, y que el acento prosódico está en la primera «a».